Rakyat Malaysia cukup terkilan kerana beberapa rakyatnya terlibat dengan keganasan di Indonesia. Dasar Belanda hendak mengkristian penduduk Indonesia masih berjalan selepas merdeka seperti di Ambon. Dr Azahari Husin dan Noordin Mohd Top dikatakan menjadi dalang serangan di Bali, Jakarta, Sulawesi dan lain-lain. Dikatakan banyak sekali gereja kecil dibina di kawasan pedalaman. Beberapa wanita terkenal Indonesia menggunakan nama 'Christine' dan lain-lain yang tidak melambangkan seorang Islam. Mereka mendapat latihan di selatan Filipina dan Afghanistan. Pada 14 Ogos 2009, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono mahu berunding dengan Perdana Menteri Malaysia Datuk Seri Najib Tun Razak bagi mengatasi masalah keganasan ini.[8]